新劇　破で冒頭から鮮烈デビューを果たしたマリですが、この冒頭シーンにも謎が隠されています。
このシーン後、NERV本部に着いた加持が「ベタニアベースのマルドゥック計画は頓挫、原因は事故という事で処理されます」と語っていますが、これが破の冒頭シーンを指します。
ではそもそもマルドゥック計画とは何でしょうか？
それは第３の使徒をベースに使途を元としたエヴァを造ろうという計画です。
その証拠に第３の使途が逃走しているシーンで使徒にエントリープラグが刺さっているのが見えます。
仮設五号機に捕まった段階では既に破壊済みなので、気になる方は第３の使徒が初めて見えるシーンとその後の逃走シーンをスローで見てください。頭の下、喉辺りに突起物が見えます。これがエントリープラグです。
使途をエヴァにするというよりは、使徒とエヴァを融合させるつもりだったのではないかと推測されます。
その根拠が何故五号機が「仮設」だったのかというところと、何故マリがエヴァパイロットであるにも関わらず、冒頭シーンが初搭乗だったのかというところに掛かってきます。

つまり五号機はその他のエヴァとして完成させるつもりがなく、使徒との融合の為の素体として扱われていた。
その為、五号機は完成体としてではなく仮設の状態で保管されていた。
それでも第３の使途が逃走した場合に備える意味で、五号機は常に起動できる状態である必要はあったが、完成させる必要はなかったという事だろう。

使徒の逃走に備えていた事が伺えるのは五号機の装備である。
五号機は内部電源も一分しか持たず、外部電源はパンタグラフ（現在の電車と同じ）で供給という装備になっている。
これはつまりパンタグラフを設置している範囲での活動しか想定していないという事で、ベタニアベースの外での活動は想定しないが、ベタニアベース内での活動は想定していたという事だ。
だがそれはあくまで保険でしかないので、マリは事態が発生するまで五号機には乗せてもらえなかったという事だ。